De la saisine de la Cour
La Cour des Comptes se saisit d’office de toutes les affaires relevant de sa compétence. Elle peut en outre être saisie par les personnes habilitées en vue d’un contrôle ou pour avis.
Le dépôt des comptes opère saisine.
Les comptes concernés sont ceux dont il est fait obligation à l’Etat, aux collectivités locales ainsi qu’à tout organisme soumis à la compétence de la juridiction financière, de tenir dans les formes réglementaires.

Des formes de la procédure devant la Cour des Comptes
La procédure est inquisitoire, écrite, contradictoire et secrète.
- Procédure inquisitoire
L’instruction comporte en tant que de besoin, toutes demandes d’informations, enquêtes, expertises sur place et auditions.
En vertu de la loi, les magistrats instructeurs ont toute latitude de mener leurs investigations dans le cadre de l’instruction des comptes ou des affaires qui leur sont confiés.
Le secret professionnel ne leur est pas opposable dans le cadre des travaux à eux effectués. A cet effet, ils peuvent se faire communiquer tout document, quel qu’il soit, relatif à la gestion des organismes sous contrôle. Les magistrats peuvent aussi effectuer le contrôle des matériels, travaux de construction etc. Ils ont la latitude de se rendre dans ces organismes, entendre toute personne y exerçant des fonctions aux fins d’instructions.
Tout rapport d’inspection, de vérification peut leur être communiqué sur leur demande.
- Procédure écrite
La procédure écrite signifie que, de la saisine de la Cour à la clôture du dossier, les travaux sont consignés par écrit. Au terme de l’instruction, les résultats sont présentés dans les rapports écrits où les magistrats rapporteurs exposent leurs constatations et observations, ainsi que leurs propositions de suite à donner. Les conclusions du ministère public, relatives au rapport d’instruction évoqué, sont écrites.
Toutefois, cette procédure admet deux exceptions :
Lors de l’instruction, les déclarations orales peuvent être consignées dans les procès-verbaux signés par les parties prenantes. Ensuite, à l’audience, quand la Cour invite, pour être entendue, toute personne dont elle juge la déposition nécessaire à la manifestation de la vérité.
- Procédure sécrète
Les renseignements et les informations recueillis sont frappés du sceau du secret de l’instruction. Les audiences ne sont pas publiques sauf en matière de faute de gestion. Toutefois, la Cour ou le Parquet Général a la faculté d’entendre les personnes dont le témoignage est nécessaire pour l’édifier davantage ; lesquelles personnes peuvent aussi déposer par écrit, sur autorisation de la Cour.
- Procédure contradictoire
La contradiction, indispensable en matière juridictionnelle, est garantie selon le cas, par la procédure du double arrêt. Aussi, par un premier arrêt provisoire, la Cour fait-elle connaître aux justiciables les omissions et irrégularités relevées à leur charge et les somme de les justifier dans le délai qu’elle leur impartit. Au vu des réponses insatisfaisantes ou si le délai a expiré sans réponses, elle confirme ou infirme ces charges par un arrêt définitif. La procédure contradictoire est également garantie, par la faculté qui est offerte à la Cour de communiquer tout ou partie du rapport d’instruction aux justiciables et à toutes personnes intéressées qui doivent y répondre.

Du rôle du magistrat rapporteur
L'instruction des affaires est assurée par un ou plusieurs magistrats rapporteurs qui sont tenus d'en faire rapport à la Cour à qui il est seul réservé de donner suite.
Après l'audience, le rapporteur rédige, sur la base du relevé des décisions arrêtées par la formation de jugement et dressé par le greffier audiencier , les projets d'arrêts et autres décisions
Du rôle du magistrat contre rapporteur
Pour chaque affaire à l’instruction, un magistrat contre rapporteur assiste le magistrat rapporteur dans l’appréciation des actes qui sont portés à la connaissance de la Cour. Son rôle est de s’assurer que les observations et les propositions du rapporteur sont fondées. Au besoin, il les complète. A l’audience, il participe aux délibérations.
Des mesures conservatoires
Lors de l’instruction, si le magistrat rapporteur découvre des agissements et irrégularités qui peuvent mettre à mal les intérêts de l’organisme contrôlé et après avis du contre rapporteur, il saisit immédiatement le Président de la Chambre concernée. Ce dernier convoque la formation de jugement trois jours après aux fins de se prononcer sur l’opportunité et la nature des mesures conservatoires à prendre.
Si cela est approuvé par la formation de jugement, celle-ci l’exprime par un arrêt avant dire droit. Celui-ci est notifié, 48 h après, aux personnes en charge de son exécution et au mis en cause pour le tenir informé des mesures prises. A la clôture du dossier, le magistrat rapporteur, dans son rapport d’instruction, propose que les mesures conservatoires soient levées ou pas.
De la récusation
Les membres de la Cour peuvent être récusés ou se récuser eux-mêmes lorsqu’un conflit d’intérêts survient entre l’affaire instruite ou jugée et ceux qui sont appelés à l’instruire ou à y statuer. Les causes de la récusation prévues par le code de procédure civile sont applicables aux membres de la Cour des Comptes.
La demande de récusation, avec les motifs invoqués par les parties intéressées par un contrôle de la Cour, est adressée au Premier Président. Ce dernier communique au magistrat concerné copie de la demande et qui, prenant connaissance, suspend ses travaux ou s’abstient de siéger. Il dispose de huit (8) jours soit pour acquiescer, soit pour s’opposer à ladite demande.
En acquiesçant, le magistrat objet de la récusation est directement remplacé par un autre magistrat désigné par le Président de la Chambre concernée.
Si le magistrat s’oppose ou si le délai de huit (8) jours est forclos, le Premier Président soumet la demande à la Cour toutes Chambres réunies. La partie dont la récusation est rejetée est sanctionnée pour un montant de 24.000 FCFA à 100.000 FCFA.
Par ailleurs, le magistrat qui estime devoir s’abstenir en informe, sans délai et par écrit, son Président de Chambre qui, en émettant un avis favorable sur la demande, le remplace et en tient informé le Premier Président.
Des interventions du ministère public
Le ministère public s’exerce sur le plan juridictionnel, par voie de conclusions et de réquisitions et sur le plan administratif, par voie de communications écrites.
Les conclusions sont des observations et l’opinion du ministère public sur le rapport du magistrat rapporteur ; lesquelles prennent appui sur les dispositions législatives et règlementaires.
