La Cour des Comptes a des compétences juridictionnelles, qui comprennent le jugement des comptes des comptables publics, l'apurement des gestions de fait, la sanction des fautes de gestion et la possibilité d'imposer des amendes. Elle peut également prendre des mesures conservatoires en cas d'irrégularités, traiter des appels contre les décisions des Chambres Provinciales des Comptes, et statuer sur les recours concernant des erreurs matérielles.
En matière non juridictionnelle, la Cour des Comptes a des missions consultatives et de contrôle. Elle examine les projets de loi et fournit des avis sur les questions budgétaires, financières et comptables. Elle contrôle l'exécution des lois de finances et évalue la gestion des organismes publics, notamment ceux de prévoyance sociale.
Les comptes de gestion doivent être jugés dans les cinq ans suivant leur dépôt, sinon le comptable est automatiquement déchargé. La prescription pour les fautes de gestion est de cinq ans. La Cour peut déléguer le jugement des comptes des services déconcentrés aux Chambres Provinciales. Elle doit recevoir les rapports d'autres organismes de contrôle et peut constituer une équipe de contrôle interjuridictionnelle pour des enquêtes conjointes. Les décisions de la Cour sont matérialisées par différents types d'arrêts (décharge, débet, quitus, etc.) et les rapports incluent des évaluations et des audits variés. Enfin, la publication des avis, décisions et rapports de la Cour est sous son appréciation.
La Cour des Comptes décide de l'opportunité de publier ses avis, décisions et rapports. Cela souligne l'importance de la transparence et de la communication de ses actions au public.